O fator natural decorre do grande volume de chuva em rios perenes, que costumam ter dois tipos de leito: o leito menor, que é por onde a água corre durante maior parte do tempo e o leito maior, que é inundado após um período de cheias. No entanto, em muitas cidades brasileiras, há construções, casas, ruas no leito maior do rio.
O fator antrópico (resultado da atuação humana sobre a natureza) aumenta e agrava a ocorrência e os impactos dessas situações.
Ocupação inadequada. Nas cidades, há a construção de ruas, edifícios, marginais, pontes e casas em terrenos inadequados à ocupação humana, próximos aos cursos hídricos, como as várzeas e as planícies de inundação. Quando chove, essas construções são as primeiras a serem atingidas. No Brasil é comum esse tipo de ocorrência, uma vez que o processo de urbanização aconteceu de forma acelerada e sem planejamento.
Ausência de infraestrutura em drenagem, bueiros, “bocas-de-lobo” - para conter e drenar a água em áreas impermeabilizadas, como as ruas. Também é uma consequência do processo de formação e ampliação dos centros urbanos brasileiros, que sem o planejamento dos equipamentos urbanos, não conta com uma rede de drenagem fluvial adequada às condições climáticas do país.
Destinação incorreta dos resíduos sólidos e líquidos - A população e as empresas descartam lixo e esgoto em locais próximo ou nos rios, que sobrecarregam o leito. Quando chove, provocam o transbordamento das águas. Em especial nas cidades brasileiras, onde a ausência de saneamento básico e a destinação inadequada para o lixo, é comum. Esse talvez seja um dos maiores problemas em relação ao uso dos cursos hídricos em áreas povoadas no Brasil.
Desmatamento e queimadas ocasionam inundações e alagamentos, pois provocam assoreamento dos rios e consequente elevação de seu leito. Além disso, diminuem a infiltração da água no solo, que corre em maior volume para o curso d’água.
As inundações podem ser provocadas pelo estrangulamento da seção do rio devido aos aterros e pilares de pontes, estradas, assoreamento do leito e lixo; remanso devido à macrodrenagem; rio principal, lago, reservatório ou oceano; erros de execução e projeto de drenagem de rodovias e avenidas.